《風色幻想6》延續了《風色幻想5》結局后的發展，由于3年前在赤月戰爭中，世界因為利奇曼冒險旅團一行人的努力，免于走向滅亡的命運。從這一刻開始，原先不被人們所尊崇的冒險獵人組織，也因為世人的觀念改變，一夕之間變成最為熱門的行業，對于冒險獵人來說，屬于他們的黃金時代終于來到了！然而這次《風色幻想6》的故事就是發生在紫夜奇跡之夜過后的三年，一個名喚“黑之團”的冒險旅團上，從他們接到對付知名的俠盜集團——蒼鷹團展開游戲的序幕。