《波斯王子3：王者無雙》是設定在《時之沙》之后的故事，講述波斯王子與愛人Kaileena從時之島回到了巴比倫。豈料巴比倫如今正發生戰爭，而波斯王子則被視為敵人。由于波斯王子被逮捕，Kaileena無奈之下只有再度使用時之沙，希望救回王子、雖然王子獲救，卻也因此成為逃犯，被全國通緝。

　　更加糟糕的時，王子發現過去的戰斗令他的體內產生了邪惡的靈魂的波斯王子。陰暗王子的出現讓育碧公司加入了一個雙人游戲模式。光明王子看起來與陰暗王子明顯不同，更象是時之沙中長大后的王子。依然敏捷技能出眾，這不大的雙刃武器更他更加詭異多變。他可以雙手持刀，投擲其一，或雙刀作戰。陰暗王子不僅外表更暗，發光的眼睛，陰冷的服裝。動作也更富于侵略性，隨時準備給予人類致命一擊。